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作为国内唯一一所集眼科和耳鼻喉科医疗、教学、科研为一体的三级甲等专科医院，医工交叉研究院未来将在循证医学、整合医学和智慧医疗的理念引领下，整合临床、科研和产业化研究，努力成为集特殊感受器诊疗新技术研究和开发、人才培养以及成果转化为一体的孵化器，为世界一流大学的一流眼耳鼻喉专科医院建设谋取新篇。
昨天，医院还开展了建院以来规模最大、参与医务人员最多的线上义诊。从9:00到19:00，由周行涛院长领衔，来自眼科、耳鼻喉科、眼耳鼻整形外科、放疗科、口腔科、药剂科、麻醉科、护理部、病理科、检验科、放射科、临床营养科等12个科室的225名医务人员在线为患者答疑解惑，其中副高及以上职称专家人数占50%。据悉，此次活动是医院
70年前，国家一级教授胡懋廉、郭秉宽等在汾阳路上创办了新中国第一家眼耳鼻喉专科医院——上海医学院眼耳鼻喉科学院（复旦大学附属眼耳鼻喉科医院前身）。
近年来，医院不断创新医疗技术和科研成果造福患者。2017年，医院率先开展3D玻璃体视网膜手术。2019年，医院鼻科在国际上首次提出鼻咽切除术的四型分型，为内镜鼻咽切除术的推广提供了理论依据。医院研发数字化耳鸣诊疗装备，显著提高了耳鸣标准化诊断和个体化康复治疗水平。2020年，医院引进使用达芬奇手术机器人系统，在更加精确地切除肿瘤、保证功能的同时，帮助患者实现无痕的梦想。
2021年以来，医院在基因编辑治疗领域不断取得新突破，医院眼科与上海交通大学系统生物医学研究院合作，使病毒性角膜炎患者有望通过“HELP”基因疗法得到根治；CRISPR/Cas9基因编辑治疗Myo6显性遗传性耳聋为患者带来新希望，老年性黄斑变性的基因治疗取得重要进展。2022年，医院与温州医科大学附属眼视光医院合作首创圆锥角膜交联眼药水“纳米钥匙”，新材料的面世，让圆锥角膜治疗有了新突破。
2020年起，复旦大学附属眼耳鼻喉科医院陆续推出专病中心建设，以特定疾病为中心，建立全诊疗链式服务模式。目前已成立44个专病诊疗中心。其中眼科19个、耳鼻喉科22个、眼耳鼻整形外科2个，还有1个鼻咽癌多学科全程化管理专病中心。
医院利用5G、大数据及AI等数字技术赋能智慧医院建设，积极探索“互联网+医疗”的服务模式，包括跨院复诊、上海市和异地医保全覆盖、特色云药房线上直达配送、首创“取药码”解决药品配送难点、开通港澳台同胞及外籍人士线上就医服务……复旦大学附属眼耳鼻喉科医院互联网医院累计接诊量超25万余人次，2022年上半年互联网医院平均每日接诊量1000人次，单科接诊量、处方量、互联网复诊占比为全市第一。
复旦大学附属眼耳鼻喉科医院打通互联网远程平台与互联网医院就医绿色通道，在出具远程会诊意见的同时可以开具医院检查项目、提供专科特色医疗服务，优质医疗资源进一步辐射长三角乃至全国地区，为建立专科互联网分级诊疗树立示范。